学院始建于1988年。学院下设食品科学与工程系、食品质量与安全系、包装工程系、酿酒工程系等4个教学系和1个实验管理中心。拥有“畜产品加工”国家级特色优势学科专项资助实验室、“乳品生物技术与工程”教育部重点实验室、“乳品生物技术”教育部工程研究中心、农业部东北区域农业微生物资源利用科学观测实验站、农业部奶制品加工重点实验室、“乳酸菌与乳品发酵剂”自治区工程实验室、“乳制品研究”自治区重点开放实验室、“畜产品加工”内蒙古工程技术研究中心以及中日政府合作项目“益得”乳制品实验厂。
学院现有教职工78名（少数民族30名），其中教授23名、副教授27名。博士生导师9人、硕士生导师31人，有43位博士学位获得者，具有博硕士学位教师占专任教师总数的98%。专任教师中有1人入选“长江学者奖励计划”特聘教授、1人入选“百千万人才工程”国家级人选、1人获得全国农业科研杰出人才、1人获得国家杰出青年科学基金、1人获得国家优秀青年基金、10人荣获自治区“草原英才”荣誉称号、2人享受国务院特殊津贴、1人获得国家“万人计划”科技领军人才、6人入选自治区“新世纪321人才工程”一、二层人选、2人入选自治区“333人才引进工程”首席专家。学院现有1个国家重点领域创新团队、1个教育部科技创新团队、1个农业部科研杰出人才及其创新团队、2个自治区创新创业人才团队、1个自治区科技创新团队、1个自治区高等学校科技创新团队和2个内蒙古农业大学科技创新团队。在校本科生2027名、硕士生220名，博士生52名。
学院设有食品科学与工程、食品质量与安全、包装工程和酿酒工程、乳品工程5个本科专业。拥有食品科学与工程一级博（硕）士学位授权点，食品科学、农产品加工及贮藏工程、粮食油脂及植物蛋白工程、水产品加工和畜产品安全生产等5个二级博（硕）士学位授权点。食品科学与工程专业是自治区品牌专业，农产品加工及贮藏工程学科是自治区重点建设学科，内蒙古畜产品加工研究会挂靠在本院。
多年来，学院一直坚持教学、科研、社会实践相结合，主持完成多项科研项目，近年获省部级以上科研奖励9项，自治区优秀教学成果奖3项，获国家专利34项。在国内外学术刊物上发表论文1700多篇（其中SCI\EI收录150多篇），出版专著和教材39部。目前，承担国家自然科学基金、863计划、国家科技支撑计划、公益行业科研专项和自治区科技重大专项等省部级以上科研项目167项，科研总经费9780多万元。我院主持完成了世界首例双峰驼全基因组序列图谱绘制和破译工作，研究成果在《Nature Communication》(自然通讯)上作为封面文章在线发表，这是我校以第一产权单位在《Nature》（自然）系列刊物上发表的首篇论文。
学院十分重视学生综合素质的培养，以提高学生的创新能力、实践能力为突破口，大力开展学生第二课堂、科技创新和社会实践等活动。近年来，学生在全国和自治区“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛及创业计划大赛中屡获佳绩，获奖项目累计52项。我院“食品科技创新团队”获得2014年大学生“小平科技创新团队”支持项目。2011年，我院一篇博士论文入选全国优秀博士论文提名。
学院与中国农业大学、美国亚利桑那州立大学等国内外著名大学及中国科学院北京基因组研究所等科研院所，建立了学术合作和人才培养关系，其中与内蒙古伊利实业集团股份有限公司合作，将益生菌Lactobacillus casei Zhang应用于发酵乳饮料的生产，其产品以“QQ星儿童益生菌乳饮料”的形式投入市场。
为了解决自治区经济建设中的实际问题，学院在提高教学质量的同时，非常重视科研成果的转化和学生创新能力的培养，通过中日两国政府技术合作项目-乳制品研究培训中心、“大学生科技创新平台”等科研和学生实习实践基地，成功地完成了乳制品中天然乳酸菌的分离与开发利用、功能性乳制品的研制、高新技术在肉乳保鲜上的应用和肉宰后生理等研究，部分成果已成功地应用到“伊利”、“蒙牛”、“新希望”等著名企业的产品研发和生产当中，取得了良好的经济效益和社会效益。
食品科学与工程（学制4年）
◆业务培养目标及要求：本专业培养具有化学、生物学、食品工程和食品技术基本理论和技能的高级专业技术人才。主要学习化学、生物学和食品工程的基本理论和基本技能，受到食品生产技术管理、食品工艺设计和科学研究等方面的基本训练，具有从事食品保藏、加工和资源综合利用等方面的基本能力。
◆主要课程：食品生物化学、食品微生物学、食品工程原理、食品分析、食品机械与设备、乳与乳制品工艺学、肉与肉制品工艺学、农产品加工学、果蔬贮藏加工学、营养与食品卫生学。
◆就业方向：能在食品领域内从事食品生产技术管理、品质控制、产品开发、科学研究、工艺设计等方面工作。
◆授予学位：工学学士
包装工程（学制4年）
◆业务培养目标及要求：本专业以食品包装材料、食品包装技术和食品包装工艺为重点，培养具备产品包装工艺设计、包装容器及结构设计、包装印刷和包装装潢设计、包装机械设计、包装质量安全检验和技术管理以及包装新材料、新结构、新工艺、新设备开发和研究能力的高级工程技术及管理人才。
◆主要课程：工程力学、食品微生物学、高分子物理与化学、食品包装学、包装材料学、包装工艺学、运输包装学、包装动力学、包装造型与装潢设计、包装结构设计、包装机械与设备、包装印刷、包装测试技术等。
◆就业方向：能在商品生产与流通部门、包装企业、食品科研机构、物流、商检部门从事包装系统设计、质量检测、技术管理和科学研究等工作。
◆授予学位：工学学士
食品质量与安全（学制4年）
◆业务培养目标及要求：本专业培养具备食品检测和分析、食品质量与安全的基本理论和技能，熟知国际食品质量安全体系和国内食品标准与法规的专业技术人才。主要学习食品科学、食品质量安全检测、食品工艺、食品法规与标准、食品质量控制与安全评价、国际贸易的基本知识。
◆主要课程：食品生物化学、食品微生物学、食品毒理学、食品营养学、生理学概论、食品免疫学技术、食品卫生学、食品质量检验技术、食品工艺学、食品分析、食品标准与法规等。
◆就业方向：能在食品生产、流通及消费领域从事食品质量与安全的检测、评价、监督、执法、管理与科学研究等方面的工作。
◆授予学位：工学学士
酿酒工程（学制4年）
◆业务培养目标及要求：本专业以扎实的科学理论、工程技术和实践训练基础为支撑，旨在培养具有良好的政治文化素质、外语及计算机应用的基本能力，系统掌握酿酒工程的基础理论及专业技能，能在酿酒工程相关领域从事科学研究、技术管理、产品研发、工艺设计、质量控制、市场营销等方面工作的应用型专业人才。
◆主要课程：食品生物化学、食品微生物学、食品工程原理、酿造酒原料学、食品酶学、酿造酒分析、酿酒机械与设备、发酵工程原理与技术、蒸馏酒工艺学、酿造酒工艺学、酒类风味化学与品尝、酿酒工厂设计、实用企业管理学、市场营销学等。
◆就业方向：能在酒类和食品生产、研发、流通及消费相关行业从事生产、管理、营销、新产品开发、工艺设计和科学研究等工作。
◆授予学位：工学学士
乳品工程（学制4年）
◆业务培养目标及要求：本专业以扎实的科学理论、工程技术和实践训练基础为支撑，旨在培养具有良好的政治文化素质、外语及计算机应用的基本能力，系统掌握乳品工程的基础理论及专业技能，能在乳品工程相关领域从事科学研究、技术管理、产品研发、工艺设计、质量控制、市场营销等方面工作的应用型专业人才。
◆主要课程：食品生物化学、乳品微生物学、食品工程原理、乳品化学、营养与食品卫生学、乳品分析、乳品机械与设备、液态乳制品加工工艺学、固态乳制品加工工艺学、原料奶生产及质量控制、乳品工厂设计、乳品安全与质量控制等。
◆就业方向：能在乳品和食品生产、研发、流通及消费相关行业从事生产、管理、新产品开发、工艺设计和科学研究等工作。
◆授予学位：工学学士
